Sabato 30 maggio 1941. Etty scrive sul suo diario: Com’è strano… c’è la guerra. Ci sono i campi di concentramento. So quanto la gente sia agitata, conosco il grande dolore umano che si accumula e si accumula… la persecuzione, l’oppressione… e ci si sente così impotenti.
Nel luglio 1942, decisa a condividere il destino di massa del suo popolo, riuscirà a farsi mandare come assistente sociale al campo di smistamento di Westerbork, nel nord dell’Olanda. Vuole essere il cuore pensante della baracca, alla ricerca di Dio in tutti gli uomini, decisa a disseppellirlo dai loro cuori. Il 15 settembre 1942 il suo caro Professore e Maestro, signor Spier muore.
Etty scriverà che è stato l’intermediario tra Dio e lei e che, da quel momento, sarebbe stata lei intermediaria per tutti quelli che avrebbe potuto raggiungere. Etty conosce l’angoscia e la disperazione, il suo cuore è come una chiusa che ogni volta arresta un flusso ininterrotto di dolore. Non cede però alla disumanità dei tempi e continua a sperare in un nuovo umanesimo. L’unica possibilità che abbiamo, scriverà, è di distruggere in noi stessi ciò per cui si ritiene di dover distruggere gli altri.
La sua ricerca spirituale è originale e intensa e si svolge al di fuori di ogni appartenenza: attraverso l’ascolto interiore trova Dio nella parte più profonda di sé e arriva a pensare che se Dio non potrà più aiutare gli uomini, saranno gli uomini a dover aiutare Dio.
Al campo di Westerbork il suo amore per gli uomini e per Dio sarà messo a dura prova e lì ne avrà la conferma. Rientrata ad Amsterdam per motivi di salute, prima di tornare al campo, lascia i suoi 11 diari all’amica Maria Tuinzing, con la preghiera di consegnarli a Smelik, giornalista, qualora non dovesse più fare ritorno.
Il 7 settembre 1943 Etty, i suoi genitori e Mischa, il fratello pianista, saliranno su un treno piombato e verranno deportati ad Auschwitz; Jaap partirà in seguito. Etty muore il 30 novembre del 1943.
Da un finestrino del treno gettò una cartolina che fu raccolta e spedita dai contadini: abbiamo lasciato il campo cantando.